Ассоциация муниципальных образований Ханты-Мансийского автономного округа – Югры была учреждена в 1998 году (протокол № 1 от 10 декабря 1998 г.) и до 2006 года действовала в рамках законодательства о некоммерческих организациях.
Ассоциация создавалась с целью организации взаимодействия муниципалитетов Югры, выражения, представления и защиты их общих интересов.
С 2006 года Ассоциация "Совет муниципальных образований Ханты-Мансийского автономного округа – Югры" осуществляет свою деятельность в соответствии с федеральным и региональным законодательством, является обязательным институтом в системе местного самоуправления Югры. Учредители Совета – все городские округа и муниципальные районы автономного округа: г. Когалым, г. Лангепас, г. Мегион, г. Нефтеюганск, г. Нижневартовск, г. Нягань, г. Покачи, г. Пыть-Ях, г. Радужный, г. Сургут, г. Урай, г. Ханты-Мансийск, г. Югорск; Белоярский, Берёзовский, Кондинский, Нефтеюганский, Нижневартовский, Октябрьский, Советский, Сургутский, Ханты-Мансийский районы.
В настоящее время Ассоциация объединяет 105 из 105 муниципальных образований Югры: 13 городских округов, 9 муниципальных районов, 26 городских поселений, 57 сельских поселений.